抗体は典型的なY字型構造をとり、2本の重鎖（Heavy chain）と2本の軽鎖（Light chain）から構成される。これらはジスルフィド結合によって安定化され、機能的に明確な領域へと分かれている。
Y字の先端部分はFab（Fragment antigen binding）と呼ばれ、抗原結合を担う。一方、幹の部分はFc（Fragment crystallizable）であり、補体やFc受容体との相互作用を介して免疫エフェクター機能を発揮する。
Fab領域には可変領域（Variable region）が存在し、その中のCDR（相補性決定領域）が抗原と直接接触する。抗体の「特異性」はこのCDR配列によって決定される。一方、Fcは抗体のクラス（IgG、IgAなど）を規定し、機能の違いを生み出す。