大分類
トランスポゾンは大きく2種類に分かれます。
① DNAトランスポゾン（cut-and-paste型）
- DNAのまま移動
- トランスポザーゼ酵素が必須
- 配列を切り出して別の場所へ挿入
② レトロトランスポゾン（copy-and-paste型）
- RNAを介して増殖
- 逆転写を利用
- ゲノムサイズ拡大の主因
レトロトランスポゾンの代表例
- LINE（L1）
- SINE（Alu）
- LTR型（内在性レトロウイルス）
ヒトゲノムでの比率
- LINE-1：約17%
- Alu：約10%
- LTR：約8%
構造に基づく分類の意味
DNA型／レトロ型の違いは、単なる分類ではなく：
- 依存する酵素
- ゲノムへの影響様式
- 進化的増殖戦略
の違いを反映している。
DNAトランスポゾン：切断と再結合の分子生物学
- 両端にTerminal Inverted Repeats (TIRs)
- トランスポザーゼがシナプス複合体を形成
- DSB修復機構（NHEJ）が実質的に関与
→ 宿主DNA修復系に寄生する設計
レトロトランスポゾン：RNAを介した増殖戦略
LINE-1
- 自己完結型（ORF1/2）
- 翻訳と逆転写がcis preferenceで連動
SINE（Alu）
- 自律性なし
- LINE-1 machinery をハイジャック
LTR型
- 内在性レトロウイルス起源
- プロモーター活性が高い
分類は「起源の履歴書」
- DNAトランスポゾン：細菌的
- レトロトランスポゾン：ウイルス的